Se trata, sin duda alguna, de uno de los sitios naturales más hermosos del país- se debe a sus ambientes acuáticos, tanto superficiales como subterráneos, originados por su naturaleza kárstica, enmarcados en tupidos pinares, encinares y bosques mixtos con la llamativa presencia de las bromelias y las orquídeas.

Los lagos son “uvalas” es decir, antiguos cenotes que la corrosión de la roca caliza y los derrumbes han ido uniendo a través del tiempo. Muchos de los cuerpos de agua carecen de denominación. Su número es incierto, aunque se dice que son 59 los lagos. Famosos por los colores de sus aguas, estos se deben a varios factores, entre los que se cuentan los tipos de suelo del fondo, la vegetación y la refracción de la luz.

La visita se realiza en dos caminos, el primero lleva a los terrenos del Parque Nacional propiamente dicho, donde se encuentran los lagos Esmeralda, La Encantada, Bosque Azul, Ensueño y Agua Tinta, rodeados de bosques de pinos. Junto a ellos existen algunos servicios y además de la posibilidad de hacer excursiones hacia San Rafael, un arco natural de 40 metros de altura sobre un sumidero o ponor, donde se sumerge la pequeña corriente de agua conocida como Paso del Soldado. El otro camino lleva a los lagos que coordina la comunidad, Cañada, Pojoj, Tziscao y Dos Lagunas, entre otros. El lago Tziscao es una de los mayores y el más profundo –45 m- y se encuentra ya sobre la frontera guatemalteca. A sus orillas se encuentra un poblado chuj. Hay albergues, comedores y balsas.