Las rocas que vemos actualmente en las paredes del Cañón del Sumidero, se comenzaron a formar hace unos 136 millones de años a base de sedimentos y minerales de calcio (calizas), el cual es formado por la acción de algunos animales marinos como los corales, esto supone que, en la antigüedad, ésta región de Chiapas estaba sumergida por un mar poco profundo.

El Cañón como tal comenzó a formarse hace 70 millones de años gracias a la acción de movimientos tectónicos llamados Horts-Graben; los cuales, por sus características de movimiento de masa de tierras, son llamados pilar tectónico y fosa tectónica respectivamente.

Hace 15 millones de años las aguas marinas se retiraron de esta región gracias a movimientos geológicos que formaron las montañas importantes de Chiapas, entre ellas, las montañas del Cañón del Sumidero, las cuales comenzaron a sufrir la disolución y erosión a causa de la misma agua, aquí nació el Cañón y comenzó su formación la cual continua en la actualidad.